พระนางและอาร์ชดยุกฟรันซ์ แฟร์ดีนันท์ ทรงมีการติดต่อหากันอย่างลับๆ เนื่องจากเป็นการคบหากันนี้ เป็นการละเมิดกฎจารีคประเพณี พระนางได้เขียนจดหมายมาหาพระองค์ระหว่างที่พระองค์ทรงอยู่ในระยะพักฟื้นจากโรควัณโรคหลังจากเสด็จกลับจากเกาะลอว์ชิน บนทะเลอาเดรียติก ประเทศโครเอเชีย ทั้งสองได้เก็บความสัมพันธ์นี้อย่างลับๆมาเป็นเวลากว่า 2 ปี จนเมื่อทั้งราชสำนักรู้เรื่องการคบหากันของทั้ง 2 พระองค์ เนื่องจากอาร์ชดัชเชสอิสซาเบลล่าทางแอบเข้าไปในห้องบรรทมส่วนพระองค์ของอาร์ชดยุกฟรันซ์ แฟร์ดีนันท์ เพื่อจะทอดพระเนตรอัลบั้มพระฉายาลักษณ์ โดยอาร์ชดัชเชสอิสซาเบลล่าทรงหวังว่า จะให้พระธิดาของพระองค์อภิเษกสมรสกับอาร์ชดยุกฟรันซ์ แฟร์ดีนันท์ โดยพระองค์ทรงหวังว่าจะทอดพระเนตรเห็นพระฉายาลักษณ์ของพระธิดาของพระองค์ แต่กลับเห็นรูปโซฟีแทน พระองค์จึงทรงนำความไปฟ้องอาร์ชดยุกฟรีดริช พระสวามี และทรงปลดโซฟีออกจากตำแหน่งนางข้าหลวง ส่วนพระสวามีได้ทรงนำความที่พระชายาทูลบอก ไปทูลเกล้าต่อจักรพรรดิฟรันซ์ โยเซฟ ทำให้เรื่องราวของทั้ง 2 พระองค์ได้เลื่องลือกันทั่วราชสำนัก จักรพรรดิทรงกริ้วมาก มีพระบัญชาให้เรียกพระราชนัดดา ผู้เป็นองค์รัชทายาทมาเข้าเฝ้าพระองค์ ทั้ง 2 พระองค์ได้ทรงมีปากเสียงกันแค่เรื่องผู้หญิงคนเดียว โดยทรงกล่าวว่า พระราชนัดดาจะอภิเษกสมรสกับโซฟีไม่ได้ เพราะจะเป็นละเมิดกฎมณเฑียรบาลในเรื่องของการอภิเษกสมรสว่า To be an eligible partner for a member of the Austro-Hungarian imperial family, one must be a member of one of the reigning or formerly reigning dynasties of Europe. พระบรมวงศานุวงศ์ออสเตรีย-ฮังการีทุกพระองค์จะต้องอภิเษกสมรสกับพระบรมวงศานุวงศ์หรือเชื้อพระวงศ์ในราชวงศ์ยุโรปเท่านั้น หากอภิเษกสมรสกับบุคคลที่มิได้เป็นเชื้อพระวงศ์ใดๆเลย เมื่อมีพระโอรส หรือ พระธิดา ก็จะไม่มีสิทธิ์ในการสืบสันตติวงศ์ และจะมิได้อยู่ในลำดับการสืบสันตติวงศ์อีกด้วย

ซึ่งโซฟีนั้น เกิดมาในครอบครัวที่มิได้เป็นเชื้อพระวงศ์แต่อย่างใด ถึงแม้ว่าบรรพบุรุษทางมารดาจะเป็นเชื้อพระวงศ์ แต่เขาจะดูในบรรพบุรุษทางบิดามากกว่า แต่เมื่อปีพ.ศ. 2512 นักประวัติศาสตร์ชาวออสเตรียคนหนึ่งได้กล่าวว่า ถ้าย้อนมองไปบรรพบุรุษทางบิดาของโซฟีนั้น จะพบว่า บรรพบุรุษที่แท้จริงของโซฟีที่ได้สืบเชื้อสายมานั้นคือ เคานต์อัลเบรชท์ที่ 1 ดังนั้น โซฟีและอาร์ชดยุกฟรันซ์ แฟร์ดีนันท์ เป็นพระญาติกันโดยไม่รู้ตัว ซึ่งถ้าจักรพรรดิทรงมองย้อนบรรพบุรุษของโซฟีมากกว่านี้ ก็จะทรงทราบว่า โซฟีก็เป็นสมาชิกราชวงศ์ฮาพส์บวร์คเช่นกัน...

ด้วยความที่อาร์ชดยุกฟรันซ์ แฟร์ดีนันท์ หลงรักพระนางหัวปักหัวปำ พระองค์ทรงปฏิเสธที่จะทรงอภิเษกสมรสกับสตรีคนใดเลย สมเด็จพระสันตะปาปาลีโอที่ 13, จักรพรรดินิโคลัสที่ 2 แห่งรัสเซีย และจักรพรรดิวิลเฮล์มที่ 2 แห่งเยอรมนี ทรงร่วมมือกันเจรจากับจักรพรรดิฟรันซ์ โยเซฟ โดยพระองค์ทรงกังวลว่าอาร์ชดยุกฟรันซ์ แฟร์ดีนันท์ จะทำให้พระราชวงศ์เสื่อมเสีย หลังจากที่ทั้ง 2 พระองค์ทรงมีปากเสียงกันมาก่อนหน้านี้แล้ว